พระพุทธศาสนาในประเทศไทยเป็นนิกายเถรวาท คณะสงฆ์ได้แบ่งลักษณะการบริหารออกเป็น ๒ ฝ่าย คือ
๑. มหานิกาย คณะสงฆ์องค์คณะใหญ่ของเถรวาทดั้งเดิม
๒. ธรรมยุติกนิกาย
นิกายธรรมยุติตั้งขึ้น โดยพระวชิรญาณเถระ ( เจ้าฟ้ามงกุฏ : พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔
ขณะดำรงพระยศเป็นเจ้าฟ้ามงกุฏ ) ขณะที่ผนวชอยู่ได้ทรงศรัทธาเลื่อมใสในจริยาวัตรของพระมอญ ชื่อ ซาย ฉายา
พุทฺธวํโส จึงได้ทรงอุปสมบทใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๓๗๒ ได้ตั้งคณะธรรมยุติขึ้นในปี พ.ศ. ๒๓๗๖
 แล้วเสด็จมาประทับที่วัดบวรนิเวศวิหาร และตั้งเป็นศูนย์กลางของคณะธรรมยุติ

นิกายธรรมยุต ตั้งขึ้นมาเพื่อปฏิรูปพระพุทธศาสนา ฟื้นฟูด้านวัตรปฏิบัติของสงฆ์
เป็นเครื่องเตือนพุทธสาวกของพระองค์ว่า พึงอิงอยู่กับ

พระธรรม เป็นนิกายที่มีความเป็นเหตุผลและวิทยาศาสตร์ แก่นของพระศาสนา สัจธรรมอันลึกซึ้งที่จะ
นำไปสู่ความหลุดพ้น ข้อสำคัญคำสอนในพระพุทธศาสนาไม่มีอะไรขัดแย้งกับความเจริญทางวิทยาศาสตร์สมัยใหม่
สิ่งที่วิทยาศาสตร์ค้นพบนั้นเป็นสิ่งที่พระพุทธเจ้าทรงหยั่งรู้เมื่อ 2000 ปีมาแล้ว พระองค์ทรงริเริ่มวางระเบียบแบบแผน
ในด้านการปฏิรูป  ทางพระพุทธศาสนาหลายประการ ดังนี้     
1. ทรงตั้งธรรมเนียมนมัสการพระเช้าค่ำ ที่เรียกว่าทำวัตรเช้า ทำวัตรค่ำ เป็นประจำ
และทรงพระราชนิพนธ์บทสวดเป็นภาษาบาลี เป็นคาถา   
เป็น จุณณิยบท ซึ่งใช้แพร่หลายมาจนถึงปัจจุบันนี้ มีการรักษาศีลอุโบสถ และแสดงพระธรรมเทศนา
เวลาเก้าโมงเช้าและบ่ายสามโมงเย็น ในวันธรรมสวนะและวันอุโบสถ เดือนละ 4 ครั้
2. ทรงปฏิรูปการเทศน์และการอธิบายธรรมทรงเริ่มการเทศนาด้วยฝีพระโอษฐ์ ชวนให้ผู้ฟังเข้าใจง่ายและเกิดศรัทธา
ไม่โปรดเขียนหนังสือไว้เทศน์นอกจากนี้ยังทรงฝึกหัดศิษย์ให้ปฏิบัติตาม
ทรงอธิบายเพื่อให้คนเข้าใจในเนื้อหาของหลักธรรม เผยแพร่หลัก  
ธรรมสู่ราษฎร อธิบายหลักอันยุ่งยากซับซ้อน คณะสงฆ์ธรรมยุตได้เพิ่มบทสวดมนต์ภาษาไทยลงไป  ทำให้คนนิยมฟังเป็นอันมาก
3. ทรงกำหนดวันมาฆบูชาเป็นวันสำคัญทางศาสนาขึ้นจากวันวิสาขบูชา    ทรงพระราชนิพนธ์คำบูชา และวางระเบียบให้เดินเวียนเทียน
และ  สดับพระธรรมเทศนา ทรงชักนำให้บำเพ็ญกุศลตามเทศกาลต่าง ๆ เช่น ถวายสลากภัตร ตักบาตรน้ำผึ้ง ถวายผ้าจำนำพรรษา
4. ทรงแก้ไขการ  รับผ้ากฐินให้ถูกต้องตามพุทธบัญญัติ คือเริ่มแต่การซัก ตัด เย็บ ย้อม ให้เสร็จภายในวันเดียวกัน
5. ทรงแก้ไขการขอบรรพชา และการสวดกรรมวาจาในอุปสมบทกรรมให้ถูกต้องยิ่งขึ้น เช่น ระบุนามอุปสัมปทา
และนามอุปัชฌายะ ซึ่งเป็น 
ภาษาบาลีในกรรมวาจา การออกเสียง อักษรบาลี ทรงให้ถือหลักการออกเสียงให้ถูกฐานกรณ์   ของอักขระตามหลักบาลีไวยากรณ์
6. ทรงวางระเบียบการครองผ้า คือการนุ่งห่มของภิกษุสามเณร ให้ปฏิบัติไปตามหลักเสริยวัตรในพระวินัยเพื่อให้สุภาพเรียบร้อย
(เดิมพระธรรมยุตครองจีวรห่มแหวก แต่ตอนปลายรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนมาห่มคลุม
(ห่มหนีบ) ตามแบบพระสงฆ์มหานิกาย ครั้นถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้า  
พระพุทธศาสนาในประเทศไทยเป็นนิกายเถรวาท คณะสงฆ์ได้แบ่งลักษณะการบริหารออกเป็น ๒ ฝ่าย คือ

๑. มหานิกาย คณะสงฆ์องค์คณะใหญ่ของเถรวาทดั้งเดิม

๒. ธรรมยุติกนิกาย

นิกายธรรมยุติตั้งขึ้น โดยพระวชิรญาณเถระ ( เจ้าฟ้ามงกุฏ : พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔
ขณะดำรงพระยศเป็นเจ้าฟ้ามงกุฏ ) ขณะที่ผนวชอยู่ได้ทรงศรัทธาเลื่อมใสในจริยาวัตรของพระมอญ ชื่อ ซาย ฉายา
 พุทฺธวํโส จึงได้ทรงอุปสมบทใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๓๗๒ ได้ตั้งคณะธรรมยุติขึ้นในปี พ.ศ. ๒๓๗๖
แล้วเสด็จมาประทับที่วัดบวรนิเวศวิหาร และ  ตั้งเป็นศูนย์กลางของคณะธรรมยุติ

นิกายธรรมยุต ตั้งขึ้นมาเพื่อปฏิรูปพระพุทธศาสนา ฟื้นฟูด้านวัตรปฏิบัติของสงฆ์ เป็นเครื่องเตือนพุทธสาวกของพระองค์ว่า
พึงอิงอยู่กับพระ ธรรม เป็นนิกายที่มีความเป็นเหตุผลและวิทยาศาสตร์ แก่นของพระศาสนา สัจธรรมอันลึกซึ้งที่จะนำไปสู่ความหลุดพ้น
 ข้อสำคัญคำสอนในพระพุทธศาสนาไม่มีอะไรขัดแย้งกับความเจริญทางวิทยาศาสตร์สมัยใหม่ สิ่งที่วิทยาศาสตร์ค้นพบนั้น
 เป็นสิ่งที่พระพุทธเจ้าทรงหยั่งรู้เมื่อ 2000 ปีมาแล้ว พระองค์ทรงริเริ่มวางระเบียบแบบแผน ในด้านการปฏิรูปทางพระพุทธศาสนา
หลายประการ ดังนี้    

 1. ทรงตั้งธรรมเนียมนมัสการพระเช้าค่ำ ที่เรียกว่าทำวัตรเช้า ทำวัตรค่ำ เป็นประจำ และทรงพระราชนิพนธ์บทสวดเป็นภาษาบาลี
เป็นคาถา    เป็น จุณณิยบท ซึ่งใช้แพร่หลายมาจนถึงปัจจุบันนี้ มีการรักษาศีลอุโบสถ  
และแสดงพระธรรมเทศนาเวลาเก้าโมงเช้าและบ่ายสามโมงเย็น  ในวันธรรมสวนะและวันอุโบสถ เดือนละ 4 ครั้ง

2. ทรงปฏิรูปการเทศน์และการอธิบายธรรมทรงเริ่มการเทศนาด้วยฝีพระโอษฐ์ ชวนให้ผู้ฟังเข้าใจง่ายและเกิดศรัทธา
ไม่โปรดเขียน  หนังสือไว้เทศน์นอกจากนี้ยังทรงฝึกหัดศิษย์ให้ปฏิบัติตาม ทรงอธิบายเพื่อให้คนเข้าใจในเนื้อหาของหลักธรรม
เผยแพร่หลักธรรมสู่ราษฎร
อธิบายหลักอันยุ่งยากซับซ้อน คณะสงฆ์ธรรมยุตได้เพิ่มบทสวดมนต์ภาษาไทยลงไป ทำให้คนนิยมฟังเป็นอันมาก

3. ทรงกำหนดวันมาฆบูชาเป็นวันสำคัญทางศาสนาขึ้นจากวันวิสาขบูชา ทรงพระราชนิพนธ์คำบูชาและวางระเบียบให้เดินเวียนเทียน
และสดับพระธรรมเทศนา ทรงชักนำให้บำเพ็ญกุศลตามเทศกาลต่าง ๆ เช่น ถวายสลากภัตร ตักบาตรน้ำผึ้ง ถวายผ้าจำนำพรรษา

4. ทรงแก้ไขการรับผ้ากฐินให้ถูกต้องตามพุทธบัญญัติ คือเริ่มแต่การซัก ตัด เย็บ ย้อม ให้เสร็จภายในวันเดียวกัน

5. ทรงแก้ไขการขอบรรพชา และการสวดกรรมวาจาในอุปสมบทกรรมให้ถูกต้องยิ่งขึ้น เช่น ระบุนามอุปสัมปทา และนามอุปัชฌายะ
ซึ่งเป็นภาษาบาลีในกรรมวาจา การออกเสียง อักษรบาลี ทรงให้ถือหลักการออกเสียงให้ถูกฐานกรณ์ของอักขระตามหลักบาลีไวยากรณ์

6. ทรงวางระเบียบการครองผ้า คือการนุ่งห่มของภิกษุสามเณร ให้ปฏิบัติไปตามหลักเสริยวัตรในพระวินัยเพื่อให้สุภาพเรียบร้อย
(เดิม พระธรรมยุตครองจีวรห่มแหวก แต่ตอนปลายรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนมาห่มคลุม   (ห่มหนีบ)
 ตามแบบพระสงฆ์มหานิกาย ครั้นถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสวยราชย์
จึงได้กลับมาห่มแหวกตามเดิม)ทรงวางระเบียบการกราบไหว้ 
ของพระภิกษุสามเณร และระเบียบอาจารยะมารยาท ต้องวางตัวให้น่าเลื่อมใสศรัทธา สังวรในกิริยามารยาทและขนบธรรมเนียม
7. ทรงให้พระสงฆ์ธรรมยุต ศึกษาพระปริยัติธรรมให้แตกฉาน สามารถแสดงธรรมเทศนา สั่งสอน
สามารถแยกระหว่างความเชื่อที่มีเหตุผล   
และความเชื่อในสิ่งที่ไม่สามารถอธิบายได้ การศึกษาในด้านวิปัสสนาธุระ ไม่ใช่รับรู้เฉพาะสมถะวิธีอันเป็นเบื้องต้น แต่ให้รับรู้ไปถึงขั้น  
วิปัสสนากรรมฐาน การปฏิบัติตามพระวินัย ทรงให้ถือหลักว่าสิ่งใดที่สงสัยและน่ารังเกียจไม่ควรกระทำโดยเด็ดขาด
พึงเคารพพระวินัยอย่างเคร่งครัด
8. ทรงเห็นความสำคัญในการศึกษาหา ความรู้สาขาอื่น ๆ
ของพระสงฆ์ จึงทรงอนุญาตให้พระสงฆ์เข้าศึกษาภาษาอังกฤษกับหมอแคสเวลา  (Reverend Jesse Caswell)
ตามความสนใจ ทำให้มีการสืบสานการเข้าศึกษาหาความรู้เพิ่มเติมของพระสงฆ์มาจนถึงปัจจุบัน
นับได้ว่าพระองค์ทรงเป็นผู้ประทานกำเนิดพระสงฆ์นิกายธรรมยุต โดยทรงจัดวางระเบียบแบบแผนและธรรมยุติกวัตร
ขึ้นสำเร็จ ซึ่งทรงปฏิบัติไปด้วยความกล้าหาญ ไม่ทรงย่อท้อต่ออุปสรรค
แม้ว่าจะมีความพยายามทำลายล้างพระสงฆ์นิกายนี้ ดังเช่นให้สึกพระ  
อุปัชฌาย์ของพระองค์ และกลั่นแกล้งพระสงฆ์นิกายธรรมยุต อย่างไรก็ตามพระสงฆ์นิกายธรรมยุต
ก็เป็นที่ศรัทธาของราษฎรทุกชั้นขึ้นตามลำดับ การก่อเกิดของธรรมยุติกนิกายยังผลให้มีการฟื้นฟู และส่งผลที่เป็นคุณแก่พระพุทธศาสนา
การพยุงรักษาพระพุทธศาสนาเท่าที่กระทำกันใน รัชกาลก่อน ๆ ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์
การฟื้นฟูและทำนุบำรุงพระพุทธศาสนามุ่งเน้นไป  
ทางพระปริยัติธรรม และก่อสร้างปฏิสังขรณ์ด้านศาสนวัตถุเป็นส่วนใหญ่ แต่ศาสนบุคคลยังไม่ได้รับการฟื้นฟูอย่างจริงจัง
 กรณีที่มีผู้ประ พฤติปฏิบัติผิดพระวินัย ก็ทรงใช้พระราชอำนาจป้องกันปราบปรามให้สึกจากสมณเพศ
ยังไม่ได้เข้าไปแก้ไขในวงการสงฆ์ ดังนั้นการที่   
สมเด็จเจ้าฟ้ามงกุฎ ทรงตั้งคณะสงฆ์ขึ้นและมีวัตรปฏิบัติที่เคร่งครัดถูกต้องตามพระวินัยปฏิบัติในสิ่งที่ถูกต้องดีงาม
ศึกษาพระปริยัติธรรมอย่างเข้าใจแจ่มแจ้ง นับได้
ว่าทรงฟื้นฟูพระพุทธศาสนาในส่วนที่บกพร่องของพระสงฆ์ไทยที่มีมาแต่โบราณ ให้สมบูรณ์ทั้งพระวินัยปิฎก
และพระสุตตันตปิฎก ซึ่งเป็นการสืบต่ออายุของพระพุทธศาสนาให้เจริญรุ่งเรืองอย่างบริบูรณ์ขึ้นในประเทศไทย